我个人建议还是中国农业大学，或者其他985大学。
目前形势很明朗了，未来985的比较优势将会继续凸显，即使现在已经称为双一流了。
985较211优势在于：
（1）较高的保研率，现在考研和保研的差别越来越大了；而且相对看来985的学生可被更加认可，甚至有些高校在接受调剂的时候，只要985的考生。985高校的保研比例高，毋庸置疑。
（2）就业的优势；总体上就业985好于211，平均看来。部分省市选调生只要985的或者双一流A类的，除非是行业特色高校的211的特色专业，要不然211的普通专业差985普通专业一截无悬念。举本题例子，作为公司HR面对中农大工商管理和南理工工商管理专业的毕业生，会优先考虑谁？前几年有些公司、高校等在招聘的时候，甚至要求求职者的第一学历必须是985，现在已经不允许这么明显的就业歧视了。但是，表面上不写出来，但是在实际执行过程中，可能还是985优先。据我所知，某知名公司，在筛选求职简历的时候，有一个筛选条件就是985+硕士。
（3）学校氛围、环境。相对说来，985获得的国家财政资金还是要高于211的，所以985学校的各项设施、软硬件条件一般较211的好，奖学金也多，介于985高校的历史上也阔过，所以校友资源也较为丰富啊。在985高校，你身边的同学和周围学校的朋友，可能级别都和你差不多。所以选择一个城市，也是在选学校的时候，需要慎重考虑的。
回到题主的具体问题，南理工这么多年，在江苏省内分数一直不低，江苏的同学喜欢家乡和上海多一些，所以导致省内的一些211分数长期偏高。南京理工在南京还是有认可度的，在上海可以说有一定的认可度，但是上海是华东六省一市众多高校的就业市场，相较于其他该区域高校竞争力并不大。再扩大到其他区域，比如北京、深圳等，除了军工方面寥寥可数的公司南理工有优势，剩下的就和其他211的学校没什么区别了。而且根据我的经验（北京），很难看到南理工的学生或者校友。但是中农大不一样了，他的就业面向全国。
再说说南理工，我和室友去过南理工一次，校园太大了，大到我们三路痴迷路了。从学科上来说，南理工偏重理工科，数物化好的学生就不要错过，毕竟是老牌子研究兵器的，实力不用说，好好学未来前途无量。
说说中农，没去过，不了解校园环境，但听我一同学说男生宿舍跟南农一样，六人寝无独卫，女生宿舍不清楚。中农是老牌子农业院校，那边的农学院玉米课题组是很强的，在全国的农业院校中综合实力还是排第一。但是吧，毕竟是农业院校，众所周知，农学出身本科毕业想要找个对口的工作比较难，一般都是要读研究生博士出来，才稍微好找工作。要么就是弃了你的专业，抱着你的大学的帽子去飞黄腾达。
拿我本人经历来说，我现在排名专业第一，热爱科研，希望未来回高校就职。
大学前三年我为了获得保研资格，努力学习，认真科研，咬牙坚持过了三年。现在，我可以保研到中科院遗传所也可以选择保研到高校，但我还是很痛苦，因为我不知道博士毕业能不能发一些好文章，能不能如愿回高校就职。高压的科研氛围和微薄的研究生补助下，我不知道我有没有能力坚持读完博士不抑郁，我想要去实现理想还要带着现实生活带来的经济压力，还要承担未来一切不确定的因素的影响。
这就是我当初选择学农的结果，注定生活不会那么顺利。农业本就是为国为民的行业，没有兴趣也没有奉献精神的话，真的很难支持自己走下去。如果家庭经济不够好，谁来支持你读完博士呢，年近30的时候，还可能没有稳定收入，这样的生活状态自己能否接受也要做一个考量。